Святитель Пётр (Полянский) писал родственникам перед принятием сана: «Если я откажусь, то буду предателем Церкви, но, когда соглашусь – я знаю, подпишу сам себе смертный приговор».
Епископа Петра сразу после рукоположения сослали в Великий Устюг. После освобождения из-под ареста святого Патриарха Тихона владыка вернулся в Москву, став ближайшим помощником Российского Первосвятителя. Вскоре был возведён в сан архиепископа, затем стал митрополитом Крутицким и был включён в состав Временного Патриаршего Синода.
В последние месяцы жизни Патриарха Тихона митрополит Пётр был его верным помощником во всех делах управления Церковью. В начале 1925 года Святейший назначил его кандидатом в Местоблюстители Патриаршего Престола после митрополита Казанского Кирилла и митрополита Ярославского Агафангела (впоследствии священномучеников). После кончины Патриарха обязанности Патриаршего Местоблюстителя были возложены на святителя Петра, поскольку митрополиты Кирилл и Агафангел находились в ссылке. В этой должности Владыка Пётр был утверждён и Архиерейским Собором 1925 года.
В своём управлении Церковью митрополит Пётр шёл по пути Патриарха Тихона — это был путь твёрдого стояния за Православие и бескомпромиссного противодействия обновленческому расколу.
С 1925 года для святителя начинается пора арестов, ссылок, допросов и мучений. Сначала митрополит Пётр находился в Суздальском изоляторе, потом в Москве на Лубянке. В 1926 году был отправлен этапом в ссылку на три года в Тобольскую область, а затем на Крайний Север, в тундру, в зимовье Хэ.
В той же ссылке Владыка вновь был арестован в 1930 году и заключён в Екатеринбургскую тюрьму на пять лет в одиночную камеру. Затем он был переведён в Верхнеуральский политизолятор. Ему предложили отказаться от Местоблюстительства, взамен обещая свободу, но святитель отказался.
В 1931 году Владыку частично парализовало. В 1933 году больного астмой престарелого Святителя лишили прогулок в общем тюремном дворе, заменив их выходом в отдельный двор-колодец, где воздух был насыщен тюремными испарениями. На первой «прогулке» Владыка потерял сознание. Когда его перевели с ужесточением режима в Верхнеуральскую тюрьму особого назначения, то поместили снова в одиночной камере, а вместо имени дали №114. Это был режим строгой изоляции.
Святой был расстрелян в 1937 году в Магнитогорской тюрьме в возрасте 75 лет.